zu der Frage mit der anordnung kann ich leider nix sagen, aber die bauteile machen schon einiges aus.
es gibt leute die schwören auf Mallory Kondensatoren, für andere sind orange drops Die referenz.
hab das ganze auch mal im kleinen probiert, und mal am TT66 Amp mallory und orange drops probiert, und muss sagen ja, es gibt nen unterschied.
des weiteren macht auch das Material im Übertrager was aus, es gibt da auch unterschiedliche Wickeltechniken, bzw. hast du in trafos oftmals isolierschichten mit eingewickelt, möglich, dass das bei OT´s auch gemacht wird.
kann auch sein, dass beim einen Amp einfach im OT 20% "Sicherheit" im Drahtdurchmesser sind, was auch schon den Sound verändert.
dann kommt das holz im combo noch dazu:
das kannste im thomann ganz gut testen, tu einfach mal ne HB box mit V30ern anspielen und danach eine von XY für 200 euro teurer mit der gleichen Bestückung. mit den gleichen speakern. da issn unterschied. und zwar ein gewaltiger. liegt an der konsistenz und dicke des holzes.
dann: Betriebsstunden der Röhren und Lautstärke des Amps. macht auch was am sound
und was dann auch noch so ne sache ist:
ich denke, dass man das ganze mit deem EQ mehr oder minder besser angleichen kann, als es in diesem Video der fall ist.
und jetzt noch ein tipp:
wenn du die möglichkeit hast, also sprich jemand in deiner nähe hat mal den gleichen amp wie du gebaut, tu einfach mal die beiden Amps nebeneinander und versuch bei identischen Settings den gleichen sound zu bekommen. wird wohl nicht gehen 
ich denke dass du bei industriell hergestellten Amps schon sehr identische Ergebnisse erziehlst, weil die Amps mehr oder minder 100%ig identisch sind. jedoch sind selbst da feine Unterschiede zu hören.
Gruß Sebi